在地质时期，海南岛原与华夏大陆相联，大约在人类出现的第四纪，由于地壳断裂才与大陆分离，其间形成15～30公里宽的琼州海峡，此岛孤悬南中国海域中，因而得名“海南岛”。
1.唐虞至南北朝
唐虞时代，海南岛为南交之地，夏、商、周三代，为扬越之南裔。
秦始皇三十三年（公元前），统一岭南广大地区，在南方设置桂林郡、南海郡和象郡，并将中原几十万人迁徙其地。其时，海南岛为象郡之外徼。秦汉之交，中原战乱，秦龙川令赵佗自立为南越王。南越国势力遍及海南岛。
西汉武帝元鼎六年(公元前)，伏波将军路博德、楼船将军杨仆等率师平定南越之乱。元封元年(公元前），在海南岛设置珠崖郡、儋耳郡。
元帝初元三年(公元前46）春又罢珠崖郡，下诏放弃珠崖郡，设置朱卢县，隶属交州合浦郡。
在西汉时期，从汉武帝元封元年置郡设县，至汉元帝初元三年罢弃，前后历时65年，海南岛是在中央王朝的直接管辖之下的。
东汉建武十九年癸卯(公元43），伏波将军马援平定交趾，往来南海，抚定珠崖，复置珠崖县，属合浦郡，而省朱卢县。
东汉明帝永平十年丁卯(公元67)又复置儋耳县，珠崖、儋耳2县均隶属于合浦郡，督于交州。加强了东汉王朝与黎族先民的联系。
三国时期，吴赤乌年间(～)在雷州半岛设立珠崖郡（治今广东徐闻），领徐闻、朱卢、珠官3县，属高州管辖，对海南岛实行“遥领”。
晋武帝太康元年（），省珠崖郡，并入合浦郡。朱卢改为玳瑁。合浦郡领合浦、南平、荡昌、徐闻、玳瑁、珠官6县。属交州。不久废珠官县。
南朝，宋文帝元嘉八年()复立珠崖郡，治徐闻，不久又废。以珠官、朱卢属越州。
梁朝武帝大同(～)中，在废儋耳郡的地方设置崖州，统于广州。时儋耳归附俚僚首领冼夫人的有一千多峒，冼夫人请命于朝，故置崖州。《北史》和《隋书》均载“海南儋耳归附者千余峒”，是为“海南”一词的最早记载。崖州设置，此事意义重大。从汉元帝罢撤珠崖郡之后，历代州郡治所均设在大陆，对海南地区只是“遥领”而已。至南朝梁时，始在海南本土设置崖州，有效地管辖海南岛全境。
西汉至南北朝，大概经历了始置、罢弃、遥领、重建的过程。西汉王朝在海南开郡设县，虽经残暴手段实现，但从历史上看，这无疑是一种历史的进步。由于此后治理政策失误和中原多乱，海南长期处于自治的状态。南朝梁时，在废儋耳郡归附俚人首领冼夫人达千余峒的基础上重建崖州，这对后来历代中央王朝有效统治海南有着重要的意义。
4.明清时期
明太祖洪武元年戊申()三月，明军挥师南征，至六月，元朝海南海北道和海南分府元帅归降。同年十月，海南岛改乾宁安抚司为琼州府，并改吉阳军为崖州，南宁军为儋州，万安军为万州，3州隶于琼州府，仍属广西。不久又将南建州改为定安县。洪武二年六月，海南州府改隶于广东省。从此，海南岛归广东省管辖。
洪武九年，海南岛属广东布政使司海南道。当时领县情况是：
琼州府领琼山、澄迈、临高、定安、文昌、乐会、会同7县；儋州领宜伦、昌化2县；万州领万宁、陵水2县；崖州领宁远、感恩2县。海南岛1府3州13县。
正统四年（）六月，儋州附郭（州治所在地）宜伦县并入儋州，崖州附郭宁远县并入崖州，万州附郭万宁县并入万州，也就是说，州治所在地的县，归并入州，其地由州直接治理，以免机构重叠。琼州府领3州10县，并成了明代的定制。
明代南海诸岛改归崖州管辖。
明代还把“归附”的黎族编入图、都、乡等基层组织，隶于州县，和汉人一样纳粮当差。
清代，于海南设置琼崖道。下属：
琼州府（治今琼山市府城镇），领1州8县：琼山（治今府城镇）、澄迈（治今澄迈县东北）、定安（治今定安县）、文昌（治今文昌市）、会同（治今琼海市东北）、乐会（治今琼海市东南）、临高（治今临高县）、儋州（治今儋州市西北）。
崖州直隶州（治今三亚市西北），崖州归隶琼州府，光绪三十一年（）升为直隶州。领4县：感恩（治今东方市南）、昌化（治今昌江黎族自治县西）、陵水（治今陵水黎族自治县）、万州（治今万宁市）。万州光绪三十一年降州为县。
清代在海南设府，辖3州10县，故史称“十三州县”。清末改设一府，1直隶州，1州，11县。
5.民国时期
中华民国初期，海南岛的建置仍袭清制，置琼崖道，共辖13县：琼山、澄迈、定安、文昌、琼东（即清代会同）、乐会、儋县（年儋州改县）、临高、万宁（年万州改万宁县）、昌江（因与浙江省昌化县同名，年改名昌江）、陵水、感恩、崖县（年崖州改称崖县）。
民国元年（），海口所改称镇。民国十五年脱离琼山县建市。
年2月13日，撤销海口市，复归琼山县。
民国十年废道制。民国二十一年，曾拟划为特别行政区，但未实行。当时行政区称为琼崖，直隶于广东省。
民国二十一年八月改“抚黎局”为“抚黎专员公署”，加强对黎族地区的统治。民国二十四年国民党广东省政府把黎、苗族居住的五指山区划分为白沙、保亭、乐东3县，推行乡保甲里制。
据许崇灏《琼崖志略》记载，当时白沙县是析原儋县属的雅叉、白沙、元门、龙头、炳邦峒；昌化县属的霸王、乌烈、大坡、保平、冯虚峒；感恩县属的吴什峒；陵水县属的南流、十万峒；定安县属的新市、营根铺、加钗、小水峒和思河图；崖县属的红毛上、下峒和道裁、红茂村；琼山县属的加泉、林湾峒等边沿山区合并而成。
保亭县是析原崖县属的首弓、三弓、不打、六罗、抱龙、同甲、水滃峒；陵水县属的保亭、五弓、六弓、七弓、乌牙峒和岭门、白石图；万宁县属的税司、南桥、西峒、北峒；乐会县属的竹根、太平、加曹峒和合水图；定安县属的船埠、南引、加冬图和母瑞山等边沿山区合并而成。
乐东县(当时又叫乐安县)是析原昌化县属的七差；感恩县属的东方、马隆、鸡叨、峨差、峨逆、抱由、甲中、峨沟；崖县属的乐安、多涧、抱善、抱江、龙鼻、潭寨、多港、头塘、万冲、番阳峒等山区合并而成。
6.中华人民共和国时期（～）
中华人民共和国建立后，海南岛的建置为行政区，年设行政公署,驻琼山。在岛的南半部地区建立了海南黎族苗族自治州，州府驻保亭县冲山镇（今五指山市冲山镇）。
年5月海南岛宣告解放，成立海南军政委员会，实行军事管制。次年4月，成立广东省人民政府海南行政公署，年3月，改称广东省海南行政公署。年“文化大革命”爆发后，海南行政公署停止行使职权。年4月成立海南地区革命委员会，实行“一元化”领导，年10月改称海南行政区革命委员会，年1月，改称海南行政区公署。年10月撤销海南行政区公署，海南行政区人民政府正式宣告成立。
海南行政区管辖海南黎族苗族自治州并直辖北部的琼山、文昌、临高、澄迈、琼海、屯昌、儋县、万宁、定安9县1市，设西沙、南沙、中沙群岛办事处。
年撤销海南行政区和海南黎族苗族自治州，年海南建省。海南省实行省直接管辖市县的体制。
海南黎族苗族自治州的建置沿革情况：
年6月五指山地区解放，年3月成立“琼崖少数民族自治区行政委员会”，下辖白沙、保亭、乐东3县，行政委员会驻白沙县毛贵(今五指山市毛阳镇)。年迁驻加钗，同年八月迁驻番阳，直辖白沙、保亭、乐东、琼中4县，属琼崖人民政府领导。年1月撤销琼崖少数民族自治区行政委员会。
年7月1日成立海南黎族苗族自治区(专署级)，区人民政府驻乐东县抱由镇，行政区划包括乐东、白沙、保亭、琼中、东方等5县，共16个区、个乡。年自治区首府驻地由抱由镇迁驻保亭县。年，将原属海南行政区的崖县、陵水两县划归自治区管辖，范围扩大到7个县，32个区，个乡。年海南黎族苗族自治区改称海南黎族苗族自治州。
年9月，海南黎族苗族自治州7县共成立56个政社合一的农村人民公社。同年12月自治州人民政府迁至海口同海南行署合署办公。又将州内原个乡(镇)并为个大乡(镇)，并在此基础上合并大县，将原州辖7个县并为4个，由昌感、东方和白沙的一部分合并为东方大县，保亭、陵水、崖县及万宁的兴隆农场合并为榆林县，琼中县及白沙的部分地区合并为琼中县，乐东县和崖县、东方、昌感等县的部分合并为乐东大县。年至年又先后恢复原7县建置，并从东方大县分出一部分地区成立昌江县。年11月恢复自治州行政机构，州政府搬回通什镇。
年崖县撤县建三亚市，年设立通什市。自治州管辖七个县两个市。
年12月，因建省办经济特区的需要，撤销海南黎族苗族自治州。在自治州内建立了琼中黎族苗族自治县、保亭黎族苗族自治县、陵水黎族自治县、昌江黎族自治县、乐东黎族自治县、东方黎族自治县、白沙黎族自治县，三亚市升格为地级市，通什市为县级市，两市继续享受民族自治地方政策待遇。
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